在使用阿里云服务器时，确保系统的安全性、稳定性和性能是非常重要的。而正确的文件权限设置则是保障这一切的基础。对于D盘的文件权限设置，有几点最佳实践可供参考。

1. 确定用户和组

确定用户和组： 为每个应用程序或服务创建专门的系统用户和组，并确保只有该用户/组对相关文件具有读写权限。避免使用root或其他特权账户进行日常操作，以降低潜在的安全风险。

2. 设置适当的权限级别

设置适当的权限级别： 根据最小化原则，只授予完成任务所需的最低限度访问权限。例如，如果一个Web应用程序只需要读取静态资源，则应将其目录设置为可读但不可写的权限（如755）。对于需要修改内容的应用程序，则可以考虑赋予更高的权限（如775），但仍要限制到合理的范围内。

3. 定期审查与更新

定期审查与更新： 随着业务的发展和技术的变化，原有设定可能会变得不再适用。因此建议定期检查所有关键路径上的文件夹及文件的权限配置情况，并根据实际需求做出相应调整。在安装新软件或部署新项目之前也要提前规划好其对应的访问控制策略。

4. 利用ACL增强细粒度控制

利用ACL增强细粒度控制： 访问控制列表(ACL)允许管理员为特定文件或目录定义更加精确复杂的访问规则。当默认的rwx三元组无法满足复杂场景下的要求时，可以通过设置ACL来实现更灵活地管理不同主体间的共享协作关系。

5. 备份重要数据

备份重要数据： 在任何情况下都不要忽视数据备份的重要性。即使拥有最严格的安全措施，也无法完全排除意外事故发生的可能性。所以一定要建立完善的数据恢复机制，确保能够在出现问题时快速恢复正常运行状态。

在阿里云服务器上合理设置D盘文件权限是保障系统安全稳定运行不可或缺的一部分。通过遵循上述提到的各项建议，您可以有效地减少潜在威胁，同时提高工作效率。具体实施过程中还需结合自身实际情况灵活运用这些原则，不断优化和完善您的IT环境。